Приказом Ректора Московского университета академика РАН В.А. Садовничего от 30 марта 2004 г. № 219 в соответствии с решением Ученого Совета МГУ имени М.В. Ломоносова (Протокол № 1 от 15 марта 2004 г.) была утверждена следующая структура Иститута:
§ отдел математических проблем информационной безопасности,
§ отдел информационной безопасности компьютерных систем,
§ отдел гуманитарных проблем информационной безопасности,
В 2008 году в структуре Института был образован
§ Центр международного научного сотрудничества по проблемам безопасности и противодействия терроризму.
